Sedan ett par år tillbaka pågår en kamp mellan Zafaranklostrets ledning och stiftelsen för syrisk-ortodoxa egendomar i staden Mardin. Stiftelsen vill till varje pris få bort biskop Saliba Özmen och hans medarbetare genom att fabricera olika beskyllningar.
Krisen har eskalerat och flera processer i den turkiska domstolen pågår eller har just avslutats.
Den 18 maj 2012 höll patriarken och tio biskopar en synod (kyrkomöte) som gav biskop Özmen sitt stöd. Men den lokala stiftelsen i Mardin vägrar rätta sig efter beslutet från kyrkans högsta organ och fortsätter sitt motstånd mot klosterledningen.
Stiftelsen i Mardin, och de intressen som stödjer kampanjen att få bort biskopen, använder olika metoder för att sätta press på klosterledningen. De har lagt beslag på intäkter som kommer via inträdesavgiften till klostret. Der rör sig om ansenliga summor när klostret får ett par tusen besökare om dagen. Var och en betalar ca 20 svenska kronor för att gå runt och besöka de historiska platserna. Klostret som har ca 35 personer att försörja får inte en krona av inträdesavgiften. Även bidrag och donationer från människor som har sina rötter i Mardin, hamnar ofta i händerna på stiftelsen. Inflytelserika personer från Mardin, som numera bor i Istanbul, har sett till att klostret debiteras en saftig elnota på flera hundra tusen retroaktivt, trots att moskéer och andra religiösa center är befriade från elavgift.
Förutom metoden att strypa klostrets ekonomi använder man hot och våld för att skrämma iväg biskopen och hans medarbetare. Tidigare har stiftelsens utsända försökt gå till attack mot biskopen och trakassera honom. Nyligen tog stiftelsens män också lagen i egna händer och bröt upp ett rum i klostret som tillhör biskopens sekreterare. Polis fick tillkallas för att köra ut inkräktarna.
I syfte att sprida information om krisen, gick klosterledningen ut med ett uttalande där man betecknar motståndarnas metoder och fysiska våld som ociviliserat och i strid mot kyrkans regler och hierarki. Uttalandet finns att läsa både i dess turkiska original och i en sammanfattad översättning till svenska längst ner i denna artikel.
I Sverige finns det en stödförening för Zafaranklostret. Den bildades 2010 och dess företrädare föreläste nyligen för medlemmarna i Assyriska föreningen i Västra Frölunda i Göteborg för att uppmärksamma det som händer på klostret och söka stöd för klosterledningen. Ett sammandrag av
föreläsningen finns i Assyria TV.